S11E01.本季开头就是老烟枪的自白：我叫卡尔格·哈德·布什。但在与美国政府合作的许多年里，我以无数假名代号出现，这是份低调的工作，但我不是个低调的人。我见证了无数历史，大多数充满冲突和暴力，（它们）摒弃了美国人所珍视的价值观 。我曾于权力中心举足轻重，在那里叱咤风云，也曾做出几乎无人能做到也不愿做的牺牲。如果人们知晓真相，他们会上街暴动。权力意志出自尼采，主宰一切（备注：《权力意志》为尼采晚年哲学思想的代表之作，也是尼采最有影响哲学著作，尼采哲学的精髓即是重估一切价值，其“意志”是压倒一切的。尼采主张权力意志是支配世界和人类行为的唯一绝对动因，人生就是权力意志的追求。），好像我们拥有自由意志可以自由选择。我们的命运镌刻在骨子里，在自我毁灭的强烈冲动中得以实现。我不是个坏人更算是个实际的人，我利用自己的才能让好人成为伟人，这是我的伟大之处。我是两个男人的父亲，他们前途无量，可能甚至超越他们的认知。他们都将会为联盟调查局工作，都是性格复杂但敢于牺牲的人，而且他们对那些由我拆分隐藏的真相锲而不舍，终会让他们付出沉重代价。真相只被手握权柄之人以及幕后无形推手所掌控。地外有生命吗？老天，问出这样的问题就不仅是想象上的失败了。失败在于没有认清人类愚蠢的极限、科学的稚嫩、工具的简陋。我们倾听，我们探索，我们期待一个信号，好像已经足够耳聪目明，好像我们大脑足够发达，好像我们自我足够收敛一样。我现在老了，我将会在历史上留下自己的记号，比总统或暴君还要多。我不要求忠诚和信任——那些人与人之间短暂的关系。我只想要一些时间让我的儿孙看到：我是对的。他们的父辈做了必须做的事。画面终止于老烟枪出现在摄影棚拍摄美国登月。
斯嘉丽被人送到医院，医院说她是癫痫发作。斯金纳从斯嘉丽脑波实时扫描图像中发现闪烁着电码：（摩斯电码里意思是）找到他。斯嘉丽醒来后告诉穆德，世界即将被一场斯巴达的病毒引发的大瘟疫所毁灭，他们必须找到他们的儿子威廉姆，而且大烟枪（穆德的爸爸）也还活着。穆德的弟弟也赶来告诉斯嘉丽他儿子有危险，又被斯嘉丽逼问出了养父母的名字：范德坎普。此时，上一季末的瘟疫末世还没发生，两人开始踏上了寻子之路。
穆德自从医院出来后就有人追踪他，他你想追踪发现了他爸爸老烟枪的同事——外星殖民计划的辛迪加组织成员两人，一男一女，他们反对老烟枪的计划，并进行着另一个同样绝密的计划——宇宙逃离计划：建造戴森球体系和壮观的宜居建筑，当然也是为了少数精英分子。他们企图说服穆德找出并杀了他爸爸（老烟枪）来更好的实施自己的计划。被穆德拒绝后，他们派人去杀斯嘉丽，但穆德及时制止。（又搞人家老爸，又搞人家老婆，穆德肯定不会放过这俩二货的。）
斯金纳被老烟枪策反，许诺他将成为免疫精英的一部分，前提是他要帮助老烟枪找到威廉姆。老烟枪还说威廉姆是他的儿子。
S11E02.四方安保公司的幕后操控者之一就是上一集中老烟枪的同事之一那个女的。本集一开头就是四方安保公司对穆德和斯嘉丽的追杀和寻找穆德手机，起因是穆德收到了本该在16年前就死亡的孤枪侠郎利发来的一段神秘视讯，问自己是否还活着？如果自己死了，那一定是他们知道他知道了。就是这段没头脑的视讯让穆德夫妇招来了杀身之祸。穆德夫妇勉强逃开莫名追杀后踏上了寻找郎利的路。调查表明郎利已经死亡，给穆德发视讯的郎利是四方安保公司的一个虚拟世界项目，这个项目聚集了世界众多精英的大脑（数字虚拟化的），包括斯蒂夫·乔布斯和马文·明斯基。这些精英被告知可以延长生命并在死后可以继续自己的工作，当真身死后，线上虚拟人物才会被激活。那个虚拟世界中只有虚拟的郎利发现了自己真身已死（不是吧，那么多精英就郎利最聪明？），自己是数字虚拟的，他说和承诺的不一样，感觉自己深处数字监牢，他拜托穆德毁掉这个项目的服务器。服务器就在斯诺登2013年曾经曝光的美国最大的监听中心。
备注：根据来自法国快报周刊网站的2016年11月17日的文章，这座1969年到1974年建成的监听堡垒位于纽约曼哈顿托马斯大街33号，曾经的项目代号为X计划，今天的名字代号是Titanpointe。晚上这里是全纽约唯一漆黑一片的摩天大楼。29层的建筑一扇窗户也没有，地下还有三层。它能抵挡核爆炸的冲击及辐射。食品储备可以满足1500人的需求。大楼名义上是美国电话电报公司的长途电话大厦，里面是世界上最大的电信中心之一。
我本人并没有看出这个虚拟世界有什么坏处，但郎利要摧毁他，穆德决定帮他，反正和辛迪加作对是他最爱做的事情之一。穆德当然成功摧毁了这个项目的服务器，当穆德和斯佳丽率领FBI人员赶到时，服务器已经被挪走了，辛迪加组织那个女的成功逃跑了。郎利又打来视讯电话说他们还有备份。
S11E03.一个小镇出现了一些人“被自杀”的神秘案子。实际是一对双胞胎姐弟可以通过意念来召唤精神实体杀人。他们想杀某个人就可以通过画图和拼写名字，召唤出这个人的分身，分身将这个人杀死后即消失不见，像巫术一样。最终这对双胞胎姐弟蠢到成功杀死了对方（这个结局太扯了）。穆德和斯嘉丽从本季一开始就一起办案，关系相对融洽，本集中斯嘉丽思春，穆德来了两次本垒打，朕甚感欣慰，还是希望他们俩继续以穆德夫妇的身份一起工作。
本集还出现一个知识点：戈什温迪综合症。
“戈什温迪综合症”。由美国神经科医生诺曼戈什温迪（Norman Geshwind, 1926 -1984) 在1970年代中期代定名。戈什温迪在波士顿的医院观察癫痫病人的行为和人格变化，他总结了大批患者的行为，综合出五项典型的人格变化：1）写作狂热 (Hypergraphia)，表现为患者非常喜欢写字或画画，日记往往极度详细，写出日常生活的所有细节。而画画也常常高产。2）宗教狂热（Hyperreligiosity). 患者往往对宗教或信仰有极度的追求，坚信自己能与上帝交流或掌握着终极真理。与过度写作欲结合，患者写作的内容往往与宗教，神灵或宇宙终极真理有关。3）间断出现的侵犯攻击性行为 4）性取向改变和性欲低下。5）人际关系粘粘糊糊（viscosity),车轱辘话绕来绕去不达要点(circumstantiality). 喜欢长时间人际交流且不愿意中断谈话。
戈什温迪综合症的神经基础是癫痫（epilepsy)。癫痫是脑细胞过度、持续高速兴奋的一种状态。脑组织由于感染，发热等原因损伤了局部神经网络，就会造成不正常的细胞间互相激励和异常的线路高流量，相当于计算机里的死循环当机。
有个实验用老鼠，用来说明行为的动机都源于多巴胺的满足感：在老鼠笼子装两个开关，按左边开关会获得食物，按右边那个则会引发对脑内丘脑下前区（ventral tagmental area VTA)的一个电刺激。VTA是脑内主要的多巴胺线路之一，电刺激会引起一股多巴胺分泌。结果老鼠不久就发现按右边的开关能更直接地得到多巴胺，于是就不断地按呀按呀，完全不碰左边获得食物的开关，直到饿死！实验充分说明老鼠可以为了多巴胺而不顾最基本的生理需要。推论就是一切行为都源于多巴胺的自我满足感。
哈佛大学的教授寇实宾（Shahram Khoshbin）曾花了十多年时间研究梵高的行为和病历， 以有力的证据说明梵高患有癫痫和戈什温迪症状群。梵高如果没有戈什温迪症，可能很难在极度贫寒的状况下高度执着地创作，在短时间内给后人留下大量神作。可能患有戈什温迪症状群的名人还有圣女贞德(Joan of Arc)，作家陀思妥耶夫斯基(Fyodor Dostoyevsky)等人。至于不太肯定的就更多了。比如贝多芬，晚年虽然完全耳聋却高度执着地不断作曲。用他自己的话说，上帝让他脑子里充满了无限美妙的音乐，只要把它写下来就是惊世骇俗的作品。我们知道脑中产生音乐的区域在右侧颞叶，所以位于颞叶的癫痫灶完全可能不断地引起异常活动，给人造成听到音乐的感觉。在临床癫痫脑手术中刺激右侧颞叶的癫痫灶也经常会让病人感到听见音乐。
（关于上述戈什温迪综合症的内容摘编自：高度执着的神经电路-肖陆江的博文，网址：
http://wap.sciencenet.cn/blog-91685-911869.html?mobile=1）

S11E04.一个叫做瑞吉的人，还是FBI的人，跟穆德是在斯嘉丽来之前的最早搭档，等等，他说了很多故事，但是无法辨别真假。本集知识点涉及到了曼德拉效应或门格勒效应，瑞吉怀疑有人操控记忆，穆德还说是平行宇宙但瑞吉和斯嘉丽都认为太扯了。最终这个瑞吉被精神病院带回去了，然后斯金纳出现说他们为什么把瑞吉带走，就结束了。本集故事从头到尾都是莫名其妙。这季都是搞笑风，但是喜剧效果太差，而且背离了1-9季的写实悬疑风格，看得十分不爽，太扯了。从本季第1集要找儿子，解救人类，可是第2集开始又是独立小故事了，而且跟找儿子都没关系，犊子扯太远了。
备注：曼德拉效应(Mandela Effect)，指大众对历史的集体记忆与史实不符。目前尚没有科学研究证明这一"效应"的真实性，但也没有足够的反对依据。
S11E05.两个女孩在一艘破船上找“古力怪”，根据调查，古力怪网站最近几个月开始活跃，两个女孩也相互认识。但是她们俩都否认认识彼此，她们俩是互相砍伤但却都否认，都声称是看见了“古力怪”被迫自卫，是古力怪把自己弄伤的。她们还声称自己都有男朋友，名字叫做：杰克逊·范德坎普。当穆德和斯嘉丽找到范德坎普家时，现场是小男孩杀害父母后自杀的假象。而斯嘉丽在梦境中看到的房间、圣诞雪花水晶球等“幻觉”和那两个女孩是一样的。更巧合的是，本季第1集中斯嘉丽被穆德兄弟告知：儿子威廉姆被送养的家庭就姓范德坎普。至少在经历了2-4集的扯淡后，编剧终于把剧情撤回了找儿子上面。
S11E06.这集又扯到斯金纳当年越战服役时的旧事。斯金纳收到了一只某人尸体的风干耳朵，并附言怪物来了。斯金纳消失了，穆德和斯嘉丽开始找斯金纳。斯金纳的战友约翰绰号小猫在越南和斯金纳一起执行机密押送任务时，押送的箱子被流弹意外击中，散发出来的黄色有毒，约翰吸入后看谁都是怪物，杀光了当时一起躲在屋子里的越南男女老幼。之后他被指控，斯金纳在作证时并没有提毒气一事（想跟编剧说这个是很不符合斯金纳一贯风格的）并为此感到深深后悔。约翰被判有罪后就一直被关在泥舔镇的一家精神病院里，按照约翰儿子戴维的说法，约翰被关押在那里一直继续作为毒气人体实验对象遭受折磨。无论是越战前还是越战后，美国政府把毒气作为精神控制的手段而继续实验。据穆德介绍，国防部和中情局类似的项目从五十年代起就实施了多个思想控制项目：蓝鸟项目、MK三角洲项目、MK机密项目等等。戴维说，他父亲约翰认为自己是MK内奥米项目的试验品，该项目是MK机密项目的衍生项目。他还认为目前已经基本研发成功，并在民众中实施。可能已经给饮用水或者食品下毒，或许是把它们放在了商用喷气机的尾气里等等。戴维说他父亲一个月前被释放，实际上他父亲上吊自杀了，戴维为了替父亲鸣不平而假扮怪物杀人。斯金纳就是看到了吊在树上的约翰而不小心掉进了戴维的陷阱并身受重伤。约翰儿子戴维准备杀害斯金纳，但被穆德识破，最终斯嘉丽开枪打死了戴维救出了斯金纳。
S11E07.开头旁白：2016年3月23日一个美国软件公司巨头在社交网络平台推特上发布了一个人工智能聊天机器人。它开始被设计成一个19岁天真女孩的网络语言使用模式，被称作是一个试验，目的是为了更好了解人类在社交网络平台上的交流。它的互动本该是友好而非正式的。人工智能可以向人类学习，它被设置成逐步提高智力。实验按照计划进行，机器人的确学习了但和预期不一样。聊天机器人重复人类语言（原文是repeat after me）的能力，让它在人类面前十分脆弱，推特用户可以影响它发推文，它的推文变得冒犯他人、种族歧视、充满恨意。在获得超5万关注者发送近10万条推文后，软件公司被迫关闭了机器人并在短短一天内，它的推文被删光。人类在教导人工智能时必须要注意，否则总有一天我们就是被删除的对象了。
本集又不找儿子了，也不探寻大瘟疫危机了，而且也没觉得跟X档案有啥关系。描写了人工智能无处不在的生活，对穆德和斯嘉丽的监视、威胁、侵扰、攻击。起因竟是穆德和斯嘉丽没有给人工智能服务支付小费和敲打液晶面板、给差评等行为，被视作没有善待机器员工和没有给机器人应有回报，可谓是小费和差评引发的血案。
S11E08.一个小镇的警长A跟另一个警长B的老婆通奸，警长A的老婆发现后用女巫书企图诅咒这对奸夫淫妇，但是由于巫术不精，不能控制这股黑暗力量，导致警长B的小儿子和自己5岁的小女儿双双死亡。由于FBI对于执法人员的直系亲属被害案拥有管辖权，所以穆德和斯嘉丽介入调查并发现了上述真相。最后由于A老婆巫术不精，最后被地狱之火烧死（她手上的巫术之书却毫发无损），B老婆车祸死亡，警长A被地狱之门的看门大黑狗咬死，所有恶人都遭到了惩罚。结尾暗示，地狱之门已被打开。
S11E09.本集核心主题是：永生。一个变态女演员和一个变态医生为了永生组织邪教的故事。这集看得有点儿反胃。85岁的女演员靠吃活体内脏保持年轻，她变态的医生男友则喜欢异时连体共生，前者的需要活体摘取，后者则靠粗暴手术。而邪教受害者都是她们俩的食物。故事的结局就是一个受害者的妹妹为了解救她姐姐而把两个主谋都杀了。
斯坦福医学院曾做过一个实验，表明年轻的血液可以让老年大脑「重返年轻」，从而实现长生不老。实验过程中，将把两只鼠的血管连接起来，让它们共用一套血液循环，然后分成两组：同时联体共生鼠：年轻鼠-年轻鼠联体、老年鼠-老年鼠联体；异时联体共生鼠：年轻鼠-老年鼠联体。
实验结果，明显可以看到「年轻血液可以让老年大脑重返年轻」的结论。不止如此，把年轻鼠和老年鼠的血浆直接输入对方体内，也会有同样的结果。还有一点，把人脐带血输入老年鼠体内，也能让老年鼠脑功能得到改善。但是在人类身上并没有公开的实验记录，在非人类上获得的成果在人类身上的效果还没有公开的证据。
S11E10.作为本季的最后一集自然还得回来继续找儿子。穆德根据雷耶尔提供的线索去了一个机场，但是没找到儿子，却顺手做了一件好事：杀死了辛迪加组织的那个梳着大背头的大胖子。穆德终于发现了威廉姆的行踪，但是他被跟踪了，他把危险也带给了威廉姆。威廉姆不仅是跑酷高手，而且他的异能很红很暴力，直视即可使人自爆，那个画面就像你打爆了西红柿一样，有画面了吗？威廉姆还顺手干掉了辛迪加组织那个女的，就是虚拟世界项目那次跑跑掉的那个。这回宇宙逃离计划应该个搁浅了，男的被穆德杀了，女的被威廉姆杀了，哈哈。局里让斯金纳开除穆德和斯嘉丽，但斯金纳还是决定和斯嘉丽前去帮穆德。斯金纳打死了雷耶尔，但是被老烟枪开车撞得生死不明，躺在地上。老烟枪逮到了威廉姆变身的穆德，并交代了威廉姆的身世：威廉姆是老烟枪的试验品，斯嘉丽只是代孕者，严格来说，斯嘉丽和穆德算不上威廉姆的父母，老烟枪才是威廉姆的创造者。如果斯嘉丽勉强可以说是母亲的话，但穆德肯定不是威廉姆的父亲。老烟枪把真相告诉了威廉姆变身的假穆德后开枪爆头打死了假穆德，但威廉姆是不怕子弹的，上一次他就是这样装死逃走的。真穆德得知自己并非威廉姆的生父后，悲痛欲绝，觉得人生失去了意义和方向。斯嘉丽握着穆德的手放在了自己的肚子上：自己怀上了穆德的孩子，这回穆德真的是腹中孩子的父亲。穆德和斯嘉丽两人相拥在一起，威廉姆在远处浮出水面，本集终。从结尾来看，是有续集的，看来他们还准备继续祸害《X档案》。

结语：本季主线故事拍得太散漫，剧情本应该是紧张紧凑，悬疑推理的，实际却完全相反，而且漏洞很多，都懒得写。搞笑风格并不适用于该剧，而且也没笑点，更不合时宜。除了斯嘉丽和穆德又尝试在一起了之外，本季没有任何一点是我喜欢的。拍的这么差还看下去实际上是我的一种强迫症，因为凡看了开头的就必须看结尾……我就想看看编剧咋往下编的，结果太让人失望了，普通毕业生的水平。我希望换个编剧吧，不要在玷污X档案系列了，看得我比剧里的穆德都伤心。